Historia Biblioteki Jagiellońskiej sięga XIV wieku i jest ściśle związana z utworzeniem najstarszego polskiego uniwersytetu. Zbiory szybko powiększały się za sprawą darów od profesorów i wychowanków uczelni. Najwięcej publikacji znajdowało się w głównym budynku uczelni – Collegium Maius. Po jego pożarze (przełom XV i XVI wieku) wydzielone zostało osobne pomieszczenie na zbiory. Duża w tym zasługa profesora Tomasza Obiedzińskiego, który wyłożył na ten cel duże środki pieniężne. W kolejnych stuleciach pomimo licznych problemów biblioteka stale się rozrastała. Jej największy rozkwit przypadł na przełom XIX i XX wieku – warto tu podkreślić rolę Karola Estreichera, wieloletniego dyrektora i słynnego historyka literatury.
Aż do 1940 roku siedzibą biblioteki pozostawało Collegium Maius. W latach 1931-1939 wybudowany został gmach przy alei Mickiewicza (to dziś starszy gmach BJ, według projektu Wacława Krzyżanowskiego), a rok później rozpoczęło się przenoszenie zbiorów do nowego budynku. Po zakończeniu II wojny światowej biblioteka dynamicznie się rozwijała, czego dowodem może być szereg prac modernizacyjnych (w latach 60. i 70). Od 1969 roku biblioteka otrzymuje dwa egzemplarze obowiązkowe wszystkich polskich publikacji, z czego jeden podlega archiwizacji. Najnowszy gmach (od strony ulicy Oleandry) został wybudowany w latach 1995-2001 według projektu Romualda Loeglera.
W zbiorach biblioteki znajduje się wiele wyjątkowych pozycji, jak choćby rękopisy dzieł Jana Długosza, Mikołaja Kopernika, czy najstarszy zapis Bogurodzicy. Oprócz tego Biblioteka Jagiellońska posiada drukowane egzemplarze De revolutionibus orbium coelestium (O obrotach sfer niebieskich) czy Commentariorum de Republica emendanda libri quinque (O naprawie Rzeczypospolitej), które trafiło na Polską Listę Krajową Programu UNESCO Pamięć Świata.
Co ciekawe, w czasie II wojny światowej zbiory biblioteki były udostępniane dla Polaków – pomimo oficjalnego zakazu. Ponadto, dzięki pracy polskich bibliotekarzy udało się ocalić większość publikacji. Wywiezionych zostało jedynie kilka XV-wiecznych rycin i ponad 200 grafik. W 1945 roku udało się je jednak odnaleźć we wsi pod Legnicą i sprowadzić z powrotem do Biblioteki Jagiellońskiej.
Znajduje się tu sala wystawowa BJ (wejście od ul. Oleandry 3).
Bibliotekę warto zobaczyć także z filmowego punktu widzenia: interesuje nas Czytelnia Główna (Lectorium) na pierwszym piętrze Starego Gmachu. Lubi tu wracać z kamerą Wojciech Smarzowski. Być może sam tu bywał, gdy w drodze z Korczyna i Jedlicza do łódzkiej filmówki studiował filmoznawstwo w Uniwersytecie Jagiellońskim? To w tej ogromnej i wypełnionej po brzegi sali prowadzi wykłady Jerzy (Robert Więckiewicz) w Pod Mocnym Aniołem (2014), to tutaj, w sali całkiem pustej, konspiracyjnie spotykają się księża i biznesmeni w Klerze (2018).
