W Kolekcji Galerii Bunkier Sztuki znajduje się obecnie 400 prac kilkudziesięciu artystów polskich i zagranicznych.
Galeria kolekcjonuje sztukę od początku swojego istnienia, czyli od połowy lat 60. Jako instytucja działająca w ramach sieci Biur Wystaw Artystycznych otrzymywała fundusze z Wydziału Kultury Miejskiej Rady Narodowej w Krakowie na zakup prac artystów krakowskich. W 1993 roku większość zgromadzonych zbiorów została wyprzedana na aukcji, a pieniądze przeznaczono na bieżącą działalność. Równocześnie wstrzymano na kilka lat wszelkie zakupy. Na początku XXI wieku wrócono do budowania kolekcji. Nadal w zdecydowanej większości były to prace artystów z Krakowa lub z Krakowem związanych. Wiele z nich pochodziło z wystaw prezentowanych w Bunkrze. Od 2012 roku zaczął funkcjonować ministerialny program „Regionalne kolekcje sztuki współczesnej”, w ramach którego galeria kupiła kilkadziesiąt prac.
Największy pokaz Kolekcji Bunkra odbył się w 2007 roku w Sukiennicach w ramach wystawy Wreszcie nowa! Małopolskie kolekcje sztuki nowoczesnej. Zaprezentowano wtedy około 100 prac. Bieżący pokaz ma charakter sygnalny, a jego celem jest przede wszystkim ukazanie różnorodności mediów i problemów, jakie ta Kolekcja reprezentuje. Ekspozycja obejmuje zbiory od lat 60. do współczesności.
Artyści: Kinga Araya, Basia Bańda, Tomek Baran, Anna Baumgart, Jerzy Bereś, Rafał Bujnowski, Bogna Burska, Maciek Chorąży, Oskar Dawicki, Tomasz Dobiszewski, Edward Dwurnik, Wojciech Gilewicz, Maurycy Gomulicki, Katarzyna Górna, Hubert Gromny & Xavery Wolski, Nicolas Grospierre, Łukasz Jastrubczak, Michał Jelski, Karolina Kowalska, Lidia Krawczyk i Wojciech Kubiak, Piotr Lutyński, Marcin Maciejowski, Małgorzata Markiewicz, Grzegorz Mart, Bartek Materka, Laura Pawela, Joanna Pawlik, Krzysztof Pijarski, Maria Pinińska-Bereś, Wojciech Puś, Karol Radziszewski, Józef Robakowski, Jadwiga Sawicka, Janek Simon, Łukasz Skąpski, Mikołaj Smoczyński, Konrad Smoleński, Marek Sobczyk, Zdzisław (Ghislave) Sosnowski, Łukasz Surowiec, Jacek Tylicki, Krzysztof Wodiczko, Zorka Wollny, Jakub Woynarowski, Piotr Wysocki, Honza Zamojski
